Ao longo da sua história, o Mercado Público passou por diversos momentos difíceis, como a enchente de 41, os incêndios de 1912, 1972 e 1979. Mas as constantes ameaças de demolição para a construção de avenidas ou túneis, finalmente acabaram em 1979, quando o Mercado foi tombado como Patrimônio Histórico e Cultural do Município. Porém, a realidade do Mercado estava saturada; as bancas cresciam desordenadamente e o prédio dava sinais claros de deteriorização. A partir do tombamento o Mercado estava preservado, porém sua estrutura física continuava seriamente ameaçada. E, além disso, também já não comportava, nem acompanhava o desenvolvimento da cidade. Assim, no início da década de 90 a prefeitura organizou uma equipe multidisciplinar para desenvolver o Projeto de Restauração, que buscava, em síntese, preservar a sua estética e história, melhorando as suas condições de abastecimento e mantendo aquilo que é uma das suas principais características: os espaços de sociabilidade. O pátio interno foi praticamente todo redesenhado, ao mesmo tempo em que buscou-se uma integração entre o térreo e o piso superior, até então historicamente separados.